El Programa de Desarrollo Logístico corresponde a una de las 9 unidades de negocio principal de la Subsecretaría de Transportes: Transporte Público Metropolitano, Fiscalización, Sectra, Sistemas Inteligentes de Transporte, Usuarios, Transporte Público Regional, Conaset, Desarrollo Logístico, y Normas Operaciones. Todas ellas reportan directamente al Subsecretario de Transportes, al igual que lo hacen las áreas de apoyo: Admnistración y Finanzas, Personas, Legal, Gestión Tecnología y Procesos, y Auditoría Interna.

Internamente, el equipo PDL está estructurado en función de 5 unidades de negocio más dos unidades de apoyo, cada una a cargo de un Coordinador con reporte al Coordinador General.

El Programa de Desarrollo Logístico cuenta en la actualidad con un equipo dedicado de más de 25 profesionales y se encuentra organizado en cinco equipos de core business: Transporte Marítimo, Transporte Ferroviario; Desarrollo Portuario; Transporte por Camión; y Planificación y Procesos.